まず、ダウンロードしたzipファイルを解凍し、
中に入っているフェイスのフォルダ（説明txtや画像と同じ場所にあるフォルダです）を、
適当なフォルダに移動してください。
Lilithのインストールフォルダに「Face」フォルダを作ってその中においても、
別のフォルダ内でも問題ありません。

次にLilithを起動し、Lilithのウィンドウ本体を右クリック、
「フェイスの変更」→「ファイルを参照...」を選び、
移動したフェイスフォルダの中のiniファイルを選んでください。
一度選んだ後は「最近使ったフェイス」から選ぶことも出来ます。

Lilithを起動して、削除したいフェイス以外のフェイスに切り替えてから
フェイスのフォルダを削除してください。